肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘的病人在早期会出现肛门脓肿、疼痛、肿硬结、瘙痒多种等症状，脓液会经常刺激瘘口周围的皮肤，导致肛门皮肤出现瘙痒、湿疹等现象。并且还会出现排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。到医院进行修补手术，达到治疗的目的。
肛瘘的典型症状会有肿痛，肿胀，破溃流脓，指诊可触及到一个条索状的组织通向肛内，一般肛瘘的发生都有脓肿的病史，脓肿破溃之后形成的肛瘘，形成肛瘘的时间也要在两到三个月左右，也有可能是肛裂刺激所导致的皮下瘘，肛瘘的部位以及位置也会导成局部的疼痛或者是狭窄，从而引起便秘的出现。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘主张手术处理。只要手术时不要损伤到肛门外括约肌的深浅部及内括约肌的齿线上方不会留有肛门失禁的后遗症。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等。
