做了巧克力囊肿手术，不影响怀孕的，首先要放松心情，加强营养，多吃一些豆类食物，补充雌激素，就是加强锻炼，增强体质，备孕期间吃叶酸，预防胎儿神经管畸形的，平时多多注意保养会慢慢好转的。
一般手术三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。建议平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
做完巧克力囊肿手术后要注意：首先是按照医生说的按时吃用药物，定期复查肝功能，生活上要注意好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒，饮食生活规律，多吃蔬菜水果，适当的吃鱼肉蛋，不要吃用刺激性的食品，少喝咖啡和浓茶等饮料。
巧克力囊肿手术一般为微创手术，通常一周左右可以恢复正常饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用，因为此类食物中含有雌激素，会对子宫内膜异位的囊肿有一定的影响。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的表现之一，这种病是有可能影响生育，刚做完手术后半年内怀孕最合适，考虑刚做完手术的原因，所以可以考虑两个月在做备孕的准备，个人身体因素不同具体时间也因人而异，手术后如果感觉回复的不错，可以到附近正规医院做一个检查，遵医嘱。
巧克力囊肿一旦破裂就会使得输卵管被堵，导致卵巢的排卵功能无法正常运行，降低受孕几率。积血流到盆腔就会使得出现小腹疼痛、月经不调、性生活疼痛等现象，并且导致盆腔器官粘连在一起，引起腹膜炎卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。
