巧克力囊肿术后复发可以根据复发囊肿的大小来决定下一步治疗。囊肿小于4厘米，可以保守治疗，最有效的治疗方法是皮下注射药物。如果复发的巧克力囊肿大于4厘米，需要手术治疗。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不建议过度的劳累，不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息，调整好心情，别喝凉的水和饮料，多吃些蔬菜水果，补充维生素增强微量元素。
做了巧克力囊肿手术，不影响怀孕的，首先要放松心情，加强营养，多吃一些豆类食物，补充雌激素，就是加强锻炼，增强体质，备孕期间吃叶酸，预防胎儿神经管畸形的，平时多多注意保养会慢慢好转的。
治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
做完巧克力囊肿手术后要注意：首先是按照医生说的按时吃用药物，定期复查肝功能，生活上要注意好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒，饮食生活规律，多吃蔬菜水果，适当的吃鱼肉蛋，不要吃用刺激性的食品，少喝咖啡和浓茶等饮料。