可以每天晚上睡觉之前用热水清洗肛门，然后在摸一些治疗这方面的药物进行治疗。使用中药熏洗治疗，加上药膏治疗，巩固手术后的疗效，因为肛周脓肿手术以后。如果不好得快，很容易导致肛瘘。
根据脓肿深浅和创面大小决定手术时间。一般术后一个月左右伤口可以完全长好。脓肿术后需要用抗生素，同时每天肛门用清热解毒，定期换药。平时注意饮食，禁食辛辣刺激性食物，多吃水果蔬菜，保持大便通畅。便秘、腹泻都有可能造成伤口水肿。
中医治疗肛周脓肿具有其独特的优势，但仅限于对早期肛周脓肿的治疗。中医以消法治疗为主，常用的方剂有仙方活命饮、五味消毒饮，同时配合清热解毒、止痛止痒的中药口服及金黄解毒膏外用，大多数患者可达到临床治好。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
