小便刺痛龟头流脓，首先需要考虑是尿道炎的可能性。尿道炎一般分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎两种情况。淋菌性尿道炎的致病菌指的是淋球菌，而非淋菌性尿道炎的致病菌一般是支原体或者是衣原体。
小便刺痛是指排尿时感到尿道、膀胱和会阴部疼痛。其疼痛程度有轻有重，常呈烧灼样，重者如刀割、轻者如针刺。小便刺痛常见于尿道炎、前列腺炎、前列腺增生、精囊炎、膀胱炎、尿路结石、膀胱结核、肾盂肾炎等。临床上男性小便刺痛有可能是非淋菌性尿道炎，为男性生殖系统的感染疾病，主要感染因素为个人卫生不洁。
考虑为泌尿系统感染引起的，也不排除结石所至，可以行彩超检查，也可以行尿常规检查，现在可以口服消炎药，要多喝水，饮食要以清淡为主，不可以吃辛辣刺激性食物的慑入的。
龟头流脓一般多见于龟头炎等导致，可以到医院外科就诊检查，根据病情采取清创消毒治疗，然后选择消炎药治疗。另外可以做一下尿常规等检查，如果是细菌感染，可以使用药物类等消炎药治疗，注意多喝水，不要吃辛辣食物，暂停性生活，不要喝酒。
小便刺痛、龟头流脓考虑是尿道炎合并龟头炎引起的不适，可能是念珠菌感染引起的。考虑与尿路感染或淋病有关系的，可以进一步检查尿常规和做尿道分泌物检查，到当地医院做个尿常规检查，如果有不干净的性生活考虑淋病可能。应该及时治疗。
龟头流脓小便刺痛考虑是尿道炎引起的，各地方的治疗费用都不一样，所以现在没有办法确定，地区差异治疗尿道炎的费用也是不同的，不同的地区治疗尿道炎的费用是不同的，各地的医院收费不同，500-1000元左右。严重的会更高些。
