要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
卵巢巧克力囊肿复发的原因有很多，除了手术不成功处，还有就是在手术后不注意护理，也会使疾病复发。注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变等。
卵巢巧克力囊肿初期可以通过手术治疗。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到盆腔内的卵巢、附件后，每次月经期时，异位的子宫内膜细胞也少量出血，出的血又不象子宫内的月经血有通道排除体外，而是由腹膜包裹，再出血再包裹，月复一月地积聚，其间也由腹膜吸收一部分，剩下的变成一种陈旧性积血，颜色如同巧克力样地咖啡色，因而得名为巧克力囊肿。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
囊肿属于良性病变对身体没有很大的影响可以不做治疗或用中药调理一般也没有什么特效药。有必要时可以考虑手术切除，喝蜂蜜不会影响卵巢囊肿的。卵巢囊肿和雄激素分泌过多有关。保持心情舒畅，减少精神压力，养成有规律的生活作息时间。增加免疫力。
