脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
婴儿进行核磁共振通常是没有明显危害的，可以在医生指导下正常进行，无需特别处理。
对于婴幼儿来说，核磁共振是一种非常安全的检查方法，是一种使用高场强磁场进行检测的仪器，通常不会对人体造成任何的伤害，在临床上是一种常用的检查方法。但是磁共振检查耗时较久，噪声较大，婴儿可能不能配合检查，要先进行镇静。需要注意的是，当通过磁共振发现幼儿患有某些疾病的时候，最好是可以尽快的进行治疗，并且在选择药物的时候也应该要慎重。
核磁共振后可以立即怀孕。
目前并没有发现做核磁共振会对怀孕产生任何影响，所以在进行核磁共振后可以立即备孕。因为女性怀孕需要一段时间，并不是同房后立即就能怀孕，所以基本是不会受到核磁共振的影响的。女性如果有生育计划，最好提前半年进行备孕，补充身体怀孕所需的各种营养和维生素，比如叶酸。并养成良好的生活习惯，避免熬夜和劳累。
头疼拍ct比较好。头痛是日常生活中的常见症状，CT检查较实惠，较低费用即可解决部分较大的问题，如是否存在肿瘤或出血等，且大部分引起头痛的原因通过CT检查即可解决；若出现神经痛或颅脑神经压迫病变，MR检查效果更好，但MR收费相应较高。若患者出现头痛现象，医生将根据头痛不同的性质、部位、症状安排不同检查。若患者为持续、反复跳痛，且疼痛迁延不愈，则应进行磁共振检查观察神经的情况。引起头疼的原因是比较多的，建议根据头疼的原因进行选择，可以在医生指导下进行相关检查，确诊后治疗。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
小儿因其体内很多脏器尚未发育完全，磁共振（MRI）作为一种安全、无辐射检查手段，是一种较为理想的影像检查手段。
磁共振可对中枢神经系统内儿童颅内肿瘤，各类脑炎，先天性发育异常，新生儿缺血缺氧性脑病等进行检查。头颈部可发现血管瘤，腺样体肥大等。腹部，泌尿系统可查消化道及泌尿系先天发育畸形，间叶组织起源肿瘤。四肢，脊柱骨关节可检出先天发育畸形和骨骺缺血坏死。
