肛周脓肿一旦形成应立即进行抗感染治疗，并注意卧床休息，减少活动。饮食宜清淡易消化，忌食刺激性食物。局部可熏洗、坐浴或热敷，如果保守治疗不缓解或者病情较重者需要手术治疗。
肛周脓肿如果溃破了应及时就医。经医师检查，如果脓肿部位表浅，经一般清创处理，定时局部换药及适当应用抗生素治疗就可以。如果脓肿部位较深或有多个脓腔则需要进一步扩创使脓液得到充分引流，以防新的脓肿形成及其他并发症如肛瘘等情况。
肛周脓肿可以一次性进行医治术，一次性医治术通常第一步先对肛周脓肿进行引流，第二步需要寻找肛周脓肿的内口，连同内口一起解决，这样可以达到肛周脓肿的一次性医治。但是，不是所有的肛周脓肿都可以一次性医治，有些病人的肛周脓肿可能需要分次进行手术。
肛门直肠周围脓肿的治疗原则主要是控制感染扩散，减轻病人的痛苦，少数病情较轻的肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等，脓肿可以消散，需要手术治疗，保守疗法包括全身或局部应用有效的抗生素，静脉滴注或灌肠外用，一旦脓肿形成，最积极的方法是及时切开引流。
中医治疗肛周脓肿具有其独特的优势，但仅限于对早期肛周脓肿的治疗。中医以消法治疗为主，常用的方剂有仙方活命饮、五味消毒饮，同时配合清热解毒、止痛止痒的中药口服及金黄解毒膏外用，大多数患者可达到临床治好。
