防治便秘和腹泻，对预防肛周脓肿和肛瘘形成有重要意义，及时治疗肛隐窝炎和肛乳头炎，以避免发展成肛周脓肿和肛瘘，养成良好的生活习惯，定时排便，每日排便后坐浴，保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。
一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
预防肛周脓肿或肛瘘首先注意饮食卫生，对于辛辣刺激燥热生硬的食物要少吃，以免诱发大便干燥或者是腹泻，进而损伤肛门直肠黏膜导致感染发炎，或者是粪渣污染肛窦引起肛窦炎，从而形成肛周脓肿。
肛瘘可以选择手术进行治疗。有时可以暂时关闭瘘口而不排出脓肿，导致局部肿胀和疼痛，体温升高，随后封闭。闭合性瘘破裂，脓液排出。瘘管也可排出气体或粪便。同时要保持大便顺畅，不吃辛辣刺激性食物。
肛瘘是肛肠手术中常见的疾病。这种疾病的发生与人们的饮食习惯和饮食结构密切相关。去当地正规医院的肛门直肠外科进行外科治疗。手术后，应该多吃高纤维含量的新鲜蔬菜和水果，不要吃辛辣刺激的食物。
