肛瘘多是由于肛周脓肿破溃之后形成的，所以肛瘘的治疗时间是在肛周脓肿破溃之后。内口以及瘘管相对比较清晰，而且瘘管相对不多，容易处理干净，避免肛瘘术后复发。多属于低位的单纯性肛瘘，只要清除干净内口以及瘘管，手术就可以成功。肛瘘在临床上治疗，越是复杂性肛瘘或者高位性肛瘘，其术后复发率相对就越高。肛瘘持续时间越长，瘘管就越多，对肛周的组织损害越大，不利于术后的恢复。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
防治便秘和腹泻，对预防肛周脓肿和肛瘘形成有重要意义，及时治疗肛隐窝炎和肛乳头炎，以避免发展成肛周脓肿和肛瘘，养成良好的生活习惯，定时排便，每日排便后坐浴，保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。
肛瘘发现即可采用手术治疗，效果较好，以免加重病情。日常要注意调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外尽量不要长久站立，不利于血液循环。
肛瘘是一种感染性疾病，早期一般是表现为肛门周围疼痛，会出现发热，肛门坠胀的情况，在溃疡后会出现流脓血的情况，而且会反复发作，所以建议采用手术治疗。平时也要注意饮食清淡，多吃蔬菜水果，不要吃刺激性的食物，同时也要注意局部的卫生。
预防肛周脓肿或肛瘘首先注意饮食卫生，对于辛辣刺激燥热生硬的食物要少吃，以免诱发大便干燥或者是腹泻，进而损伤肛门直肠黏膜导致感染发炎，或者是粪渣污染肛窦引起肛窦炎，从而形成肛周脓肿。
