脑积水的治疗主要是手术治疗，有一些药物，如有一些减少脑脊液分泌的药物，这种药不适给长期服用，而只是做术前的准备进行治疗，真正的治疗，手术主要是两方面，一方面是内镜手术，就是用神经内镜，还有一种就是分流手术，就是放一个分流管。
脑积水的原因比较多，有正常颅压脑积水、梗阻性脑积水、交通性脑积水。可能是脑脊液循环通路障碍，或者脑脊液分泌过多、吸收过少等各种原因导致。如果有梗阻，就要解除梗阻，看是不是占位性病变导致的梗阻，如果是占位性病变导致的梗阻就要去除。如果是正常颅压脑积水，就要做脑室腹腔分流手术，把脑脊液引流到腹腔，减轻这些症状。
这需要按照病情分为非手术治疗和手术治疗。轻度脑积水应先试用非手术治疗，以脱水疗法和全身支持疗法为主。手术治疗适用于脑室内压力较高或经非手术治疗失败的病例。严重脑积水如头围超过50厘米、大脑皮质萎缩厚度在1厘米以下，已合并有严重功能障碍及畸形者，手术疗效不佳。
如果胎儿脑积水较轻，小于1CM,部分可自然消退吸收。如不完全退行，则可在胎儿出生后经处理及分流手术根除。
如脑积水较重，在一般情况下，对于胎儿智力及发育都有一定影响，因此，提示应及早预防及确诊胎儿。建议孕妈妈多吃一些含蛋白质食物，补充蛋白粉、以及各种营养成分如复合微量元素，提前防止宝宝脑积水。主张孕妇要做好自我防护工作，经常进行胎儿排畸筛查工作，预防弓形虫病毒感染，避免婴儿脑积水。
胎儿脑积水的治疗方法，主要是根据胎儿积水量进行判断。
侧脑室的宽度在10mm以下，一般不需要进行手术，只要定时检查即可，否则会自动消失。侧脑室的宽度大于10mm，但不大于15mm，要进行DNA检测，也可以进行羊膜穿刺。
如果有大量的积水者，比如出现了侧脑室扩大的情况，就需要进行侧脑室的腹腔分流。如有颅内硬膜下积液，建议行硬膜下腹腔分流术。
有了脑积水需不需要治疗，要看积水多少和发展趋势。如积水量不大和非进行性增加，而且不产生明显症状的，没必要手术治疗，可观察积水的发展变化再作决定。在治疗过程中可以去除占位性病变，后颅窝和上颈椎板可减压阿诺德-恰里畸形，第四脑室闭锁畸形可通过切开第四脑室正中孔减压解除梗阻，脉络丛切除或电灼可减少脑脊液分泌等。脑脊液分流因病因不明，药物治疗效果不好，可根据病变和闭塞部位选择颅内或颅外脑脊液分流。颅内分流通常包括脑室-小脑延髓池引流和第三脑室造瘘术。要多注意休息。
