软腭裂手术的成功率是百分之八十，新生儿的组织单薄，机体抵抗力低，经不起手术打击，所以不主张此时手术。最好的时机是6-9个月，此时有一定抵抗力，门齿已萌出，及时手术还可避免上门齿外突畸形。事实证明术后恢复也快。腭裂手术时间要再晚些，为病儿口腔太小时手术进行困难，但最好不得迟于5岁。
腭裂术后伤口一般在两周左右愈合，在术后的一段时间内尽量让吃流食，尽量避免触碰到伤口。腭裂是新生儿中比较常见的一种疾病，但是大多数病人在治疗后病情是会有所好转的。
腭裂是最常见的先天性畸形，也是先天性畸形的治疗效果比较好的。如果发现早期手术修复和治疗能像正常人一样大大改善容貌，语言和发音功能明显改善，并能像正常人一样学习、生活和工作。治疗的比较好的时间是在学会说话之前。
对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
唇腭裂孩子不能要，腭裂较为常见，可单独发生，也可并发唇裂。腭裂不仅有软组织畸形，还可伴有不同程度的骨组织缺损和畸形，在吮吸，进食及语言等生理功能障碍方面远比唇裂严重。
