新生儿百日咳可以选择抗生素治疗，早期应用抗生素能够消除细菌，还可以雾化，同时要注意保证休息，避免呕吐，清除咽腔的分泌物如痰液，预防并发症，保持呼吸道的通畅，及时吸痰、吸氧。
小儿百日咳情况下服用镇咳祛痰的药物来治疗，如果痰液比较粘稠可以选择雾化吸入，如果经过一段时间的治疗症状没有得到缓解，是需要进行检查对症治疗，平时要注意室内空气的流通，给孩子多吃易消化的食物。
百日咳是由百日咳博德特氏菌感染引起的。这种疾病会引起反复刺激性干咳，咳嗽后会出现鸡样回声。治疗很麻烦。雾化吸入应用于缓解咳嗽症状。治疗时间至少应为3至4周。如果孩子一直咳嗽，百日咳的可能性几乎为零。还是应该考虑炎症刺激，如支原体感染或衣原体感染。
控制传染源，进行隔离，对症支持治疗，增加营养，预防受凉。再就是抗感染治疗，选用消炎的药物进行治疗。屋内最好使用加湿器或是在屋内放置几盆清水，增加屋内的湿度，可以缓解上呼吸道不适症状。
百日咳早期应用足量的抗生素治疗可以缩短病程。在抗感染治疗的同时，要注意对患儿进行适当的隔离，对密切接触的其他易感者，也要检疫21天。在卡他期或痉挛性咳嗽的早期，可以适当应用止咳、吸氧、止痉、排痰的治疗。
百日咳多考虑是炎症反应刺激而引起的，以咳嗽为主要的表现。到专业的儿童医院的呼吸内科诊断，明确以后来可以选择敏感的抗菌药物进行治疗，同时要进行雾化吸入的一种治疗方式，这样在2~3周是可以恢复到一个正常的状态。
