肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。
可能会。肛瘘是有可能发生癌变的，肛瘘癌变在临床上是十分少见的，可以说慢性肛瘘癌变的概率是很低的，有一种统计认为肛瘘发生癌变是0.1%的概率，所以患者们大可不必过分紧张。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
肛瘘多是由于肛周脓肿破溃之后形成的，所以肛瘘的治疗时间是在肛周脓肿破溃之后。内口以及瘘管相对比较清晰，而且瘘管相对不多，容易处理干净，避免肛瘘术后复发。多属于低位的单纯性肛瘘，只要清除干净内口以及瘘管，手术就可以成功。肛瘘在临床上治疗，越是复杂性肛瘘或者高位性肛瘘，其术后复发率相对就越高。肛瘘持续时间越长，瘘管就越多，对肛周的组织损害越大，不利于术后的恢复。
10天-15天可以治愈，冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
