肛瘘的治疗方法目前普遍采取手术治疗，手术是肛瘘的唯一方法，肛瘘分为单纯性和复杂性，低位和高位，手术方式也不一样，如果是高位肛瘘需要采取挂线治疗，一次性切除容易损伤肛管直肠环而引起肛门失禁等。
肛瘘一旦形成比较好的方法就是手术治疗，肛瘘手术最主要的就是找到内口和清除腐肉，才能够治好，否则复发的几率还是比较大的，要找正规大医院进行治疗，平时注意个人卫生。
肛瘘治疗问题严重。低位肛瘘挂线疗法或手术切除，高位肛瘘挂线疗法为主。挂线疗法可避免肛管直肠坏被一次切断所引起的肛门失禁。肛瘘是指肛门周围的肉芽肿性管道，多数是因为直肠肛周脓肿切开或自行破溃后处理不当而形成的后遗症。肛瘘主要表现为肛门周围的外口经常流脓肛周潮湿瘙痒。
肛瘘不能自愈，要手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上缝合。也可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
术后病人不宜禁食，应给软质普食，不要由于恐惧大便时疼痛而禁食或少食，只有正常饮食，才能保持大便正常，才能使肛门括约肌有效地收缩与扩张，防止肛门狭窄。忌食有刺激性的食品，如酒类，辣椒、大蒜等辛热之品。由于辛热之品易使肠胃产生湿热，浊气瘀血下注于肛门而复发。
