甲状腺囊肿通常不会自行消失。
甲状腺结节或甲状腺病变，可能与机体碘缺乏病等有关。一般情况下，如果身体无其余不适症状，应定期复查工作，定期随访，囊肿大，影响身体功能，出现呼吸窘迫，应及时进行治疗处理。创造良好的生活习惯休息时间，避免长期疲劳、熬夜等，适当休息。如出现身体异常，及时到医院检查，明确具体情况，避免拖延时间。
手术均有风险，甲状腺囊肿手术相对危险程度较低，常见风险为手术中出血、感染、麻醉事故。
手术后可发生继发甲状腺功能减退，如上喉神经损伤、喉返神经损伤、甲状旁腺损伤等，手术综合评估病情，一般甲状腺囊肿不考虑手术治疗。如果生长快，可以考虑甲状腺穿刺抽取治疗的方法。一般提示甲状腺实性结节生长快，对周围组织有压迫，超声提示可能为恶性，考虑手术治疗，术后补充甲状腺激素。
一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿不是必须手术。
甲状腺囊肿并不一定非做手术不可，疾病的处理方案以结节有无多发及结节的大小为标准，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。在临床上有一些特殊类型的甲状腺囊性结节应考虑到外科手术切除。甲状腺囊性结节，绝大部分为甲状腺之结节或腺瘤退变所致，囊肿中还含有血液及微混液体，与四周界限明显，纹理坚硬，通常无触痛，核素扫描为冷结节，少数病人为先天甲状腺舌骨囊肿。甲状腺囊性结节治疗需依据结节有无多发及结节尺寸，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。
一般来讲，甲状腺囊肿是否选择手术，要看囊肿的性质和囊肿的大小来决定。
如果经过初步检查，确定囊肿是良性的，没有影响到人体的身体健康。可以选择不用手术。如果囊肿直径小于1厘米可以也暂时观察，但需要每3个月到半年做一次彩超，观察变化。
如果囊性逐步增大，就需要手术切除。如果囊性有恶性的可能，患者需要注意的是，则无论囊肿大小，都需要手术治疗。
