新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
如果不能检出乙肝DNA，那就说明体内没有乙肝病毒，也就是体内的HBV水平很低。正常情况下，正常的仪器是不会检出100个国际单位的。对于高灵敏的乙型肝炎DNA，在20IU以下是不能检出的。一般情况下，人体内没有任何的病毒，也没有任何的病毒，这是一种非常好的情况，可以通过对HBV、DNA的监测来显示出对药物的治疗作用。对于有抗病毒治疗的患者，乙肝病毒携带者要进行积极的抗病毒疗法。积极的抗菌药物可以让肝的功能恢复到正常状态，让病毒变成负反应，这样的话，肝就不会受损了。
因为这时候也是按照正常疫苗的接种程序来的，可以产生和出生时注射乙肝疫苗一样的免疫效果。小宝宝出生的时候属于低体重儿，这时候是不能勉强打疫苗的等小宝宝一个月后，小宝宝长得大了一些，这时候开始打疫苗，完全没有什么影响的。
卡介苗和乙肝疫苗可以一起打。
卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗。卡介苗可与乙肝疫苗同时接种，不影响彼此效果，并能改善乙肝表面抗原阳性，但应分别向左，右两侧臂进行接种。接种24小时之内切忌沐浴，注意观察皮肤的表面状况及接种后的进食和排便情况、睡着了等，如果不舒服，要与接种机构取得联系，及时咨询医生。
理论上来讲卡介苗和乙肝疫苗第二针是可以同时接种的。卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗，具有增强巨噬细胞活性，加强巨噬细胞杀灭肿瘤细胞的能力，活化T淋巴细胞，增强机体细胞免疫的功能。乙肝疫苗用于预防乙肝的特殊药物。疫苗接种后，可刺激免疫系统产生保护性抗体，这种抗体存在于人的体液中，乙肝病毒一旦出现，抗体会立即作用，将其清除，阻止感染。两种疫苗在理论上来说，不糊产生冲突。可以一同接种。不过两种疫苗不能混合在一起接种，也不能接种在同一部位，可以在人体左、右上臂各自注射一针。
乙肝疫苗和卡介苗能分开打，不在同一个胳膊。一定要分开手臂进行接种，通常是乙肝疫苗接种在右手，另一个接种左手，如果由于某些原因没能接种，乙肝疫苗接种在先，那就2周后再接种；如果后一个接种在先，那要1个月后再接种乙肝疫苗。
