常用的药物主要有四环素类、大环内酯类、喹诺酮类，首选阿奇霉素、多西环素，替代方案也包括红霉素、左氧氟沙星。一般治疗结束之后，3-4周复查一下。治愈的患者，在治疗3个月内要重复的检测，避免复发。对于健康携带者以及患者的性伴侣都应该进行积极的诊治，以免再次复发，随时复诊。
一般情况下，衣原体尿路感染患者可在医生的建议下服用四环素类、大环内酯类、喹诺酮类等药物，如阿奇霉素、多西环素、红霉素、左氧氟沙星。
原体尿路感染是指由衣原体感染所引发的泌尿系统的炎症，会出现尿急、尿痛与排尿困难，晨起排尿前尿道外口有少量浆液性分泌物的症状。
衣原体感染有不洁性交史，出现尿频、尿急、尿痛、排尿不适、尿道口黏液性脓性分泌物的临床表现，尿道或宫颈管分泌物淋球菌镜检及培养阴性，衣原体血清学检查及培养阳性，尿道分泌物涂片镜检白细胞＞5/HP，或尿沉渣白细胞＞10/HP可以进行衣原体检查。
支原体衣原体尿路感染在治疗上主要是针对药敏试验，选择敏感的抗生素治疗。选择敏感的抗生素治疗后，可以是经脉点滴或者是服用，另外，每天穿的内衣服尽量是高温消毒可以热水煮过之后，放在太阳下晒。家里若是有坐便器也要做好消毒工作。平时要注意个人卫生。
尿路感染主要是通过观察患者的症状，以及就医检查来明确诊断。
大体上来说，尿路感染的患者常表现为尿频、尿急、尿痛、下腹痛等不适症状。也有可能出现发热、寒战等全身症状。部分患者可能没有任何症状，仅在尿液检查时发现。当患者出现不适症状时，医生首先会嘱患者收集尿液，再对其尿液进行化验、细菌培养等检查。为了明确诊断及评估有无并发症还会进行血常规、肾功能测定等检查。此外，医生会对患者进行B超、腹部X线、CT、肾盂造影等影像学的检查，以此来了解尿路的具体情况。
