男性生殖系统真菌感染的治疗包括注意个人卫生、使用抗真菌的药物、对因治疗。
治病期间建议患者注意私密处卫生管理，保持清洁干燥；在医生的指导下使用真菌药物进行对症治疗；或者是去除各种诱发因素，积极治疗原发病，如艾滋病等疾病，通过加强锻炼，增强自身免疫力。
真菌感染需要到医院的皮肤科进行检查以及治疗的，真菌感染是属于皮肤问题，要是明确有真菌感染，这时可以采取抗真菌药物进行治疗，在治疗期间尽量避免跟病人有密切接触，以免引起交叉感染。
梅毒一般不属于真菌感染的范畴。
梅毒是苍白螺旋体所致的一种慢性系统性传播疾病，梅毒病原体为梅毒螺旋体，总体上属细菌范畴，不是真菌感染所致传染病。梅毒可侵害脏器，可表现为淋巴结肿大，皮肤溃烂及腹痛腹泻等。多由性接触，母婴传播及血液传播而引起。可以在医生指导下使用抗生素进行针对性治疗。
真菌感染就会造成皮肤的瘙痒在确诊自己是真菌感染所导致瘙痒的话，去医院买一些去真菌的洗液平时要注意自己皮肤的卫生不要吃辛辣刺激性的食物，清淡饮食，改善体质，能够抵御外邪增强体质。
真菌感染能去根的，肾虚可以采取抗真菌治疗措施，比如在医生指导下使用药物涂抹。如果治疗效果不好，也可以考虑使用抗真菌的药物口服，治疗期间需要注意检测肝功能，因为这类药物大多数会导致肝功能损伤。