卵巢囊肿是有可能影响怀孕的，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，当卵巢受到破坏时是会造成不育的，如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症（即巧克力囊肿），采取不同的治疗。
治疗不孕不育可以去公立的专科医院，不孕不育治疗方法有：免疫治疗：手术切除病变的生殖道局部应用。内分泌治疗：主要应用长效庚酸睾酮治疗促性腺激素低下的性腺功能低下症。
不孕不育是会直接影响排卵，影响受孕。在没有月经的话，排卵的机会较少，因为月经是否正常主要是受体内内分泌激素调节的，所以一般月经不正常排卵也是不正常的，这是内分泌的一个问题。
可到当地专业治疗不孕不育的医院做相关检查，查出病因，再对症治疗。女性不孕检查出病因是关键。目前女性不孕一般检查妇科炎症、宫颈、子宫、输卵管、卵巢、盆腔、内分泌、性激素、免疫因素、全身性因素、先天性因素、心理因素及排卵检测等。
婚后未采取避孕、没有不正常性生活、同居两年而未妊娠者，称为不孕。还需要确定是不是太太在排卵期间是有性生活。建议到县城的一家医院做个检查，先查男士精子常规和形态染色体分析。如果没问题再查太太有没有妇科疾病、输卵管是否通畅一类的。因为没怀孕是很多因素引起的。
