主要副作用是，经人体吸收后与人体钙物质结合可沉积在骨骼中，在牙的发育矿化期服用，可被结合到牙组织内使牙着色，还能引起牙釉质发育不全。还可引起恶心、呕吐、腹部不适等肠胃不良反应，长期服用对肝、肾有一定的损伤。
治疗四环素牙后要注意早晚刷牙，饭后漱口，经常刷牙以确保口腔环境的清洁，重要的是一定不要忘记晚间刷牙，晚间刷牙比白天更重要，因为白天人们通过说话、吃饭等活动，口腔里会分泌大量的唾液，唾液可以冲洗牙齿抑制细菌生长。
四环素牙的危害主要是影响美观，以及釉质容易剥脱，出现四环素牙，牙齿表面呈现灰黑色或浅褐色，甚至是牙齿釉质表面会出现剥脱。四环素牙里的牙本质层会暴露，导致出现牙本质敏感症，受到刺激后出现疼痛，严重的甚至导致牙髓炎症的感染。
吃四环素半年左右可以怀孕：
服用四环素6个月之后才可以怀孕，备孕期间出于优生优育的考虑，备孕需要6个月时间。服用四环素以后，建议6个月之后才可以怀孕。女性在备孕期间要将身体调整到最好状态，不光怀孕时有好处，以后孩子出生后，各方面素质也比较好。因此对于女性在备孕期间要做好准备工作，要避免疾病、药物，平时适当运动提高机体的免疫力。
四环素分子与牙组织形成稳固的四环素正磷酸盐复合物，使牙齿形成永久性的着色，称为四环素牙。轻度和中度的可以通过皓齿美白技术治疗，分解清除牙变色的色素分子。不同程度的四环素牙采用的治疗方法也不同。重度的做瓷贴面修复。