一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
非手术治疗方式是卵巢囊肿治疗的常见手段，非手术治疗卵巢囊肿的方法很多，常见的治疗方法有中医中药，药物治疗，物理治疗方法等。由于不同卵巢囊肿治疗方法具有各自的优缺点及适应症，为更好的发挥各种卵巢囊肿方法在治疗卵巢囊肿方面的积极作用，避免治疗误区，要注意病情。
严重的卵巢囊肿建议尽快手术给与治疗，并且在月经干净三天到七天做手术，手术之前可以抽血检查妇科肿瘤三项来了解癌胚抗原癌肿抗原是否异常，患者可以选择腹腔镜手术，无论是哪种方式都建议在手术后将切除的肿瘤送病理给予化验。
如果是在手术过程中发现或者怀疑囊肿有恶性变，建议做病理切片给予诊断，再在以上的指导下决定手术范围。
一般情况下，女性卵巢囊肿处理方法，具体分析如下：
如果是单纯的囊肿，直径超过五厘米，建议进行外科治疗。一旦确诊为实心肿瘤，立即进行外科治疗，通常都是通过腹腔镜进行的，可以做腹腔镜下的囊肿摘除手术。
平时女性要注意保持良好的作息规律，多喝温开水，多吃新鲜的瓜果蔬菜，还要注意保暖、多休息，有助于身体健康。
卵巢囊肿一般不能吃药进行治疗，一般可以通过手术进行治疗。激素水平异常可能会导致卵巢囊肿，如果卵巢囊肿较小，一般不会导致女性出现明显不适症状，此时吃药不能治疗卵巢囊肿，所以一般可以不进行特殊治疗。如果卵巢囊肿较大，可能会影响正常怀孕，此时药物对于卵巢囊肿的治疗作用不明显，需要及时进行手术治疗，以切除卵巢囊肿。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
