如果有多年的扁平疣，疾病是很难完全治疗好的，治疗好之后也有可能会复发，首先可以对症用抗病毒的药物，同时还可以配合用一些免疫调节类药物，平时生活中在饮食上也要多注意，不要食用过多的辛辣的刺激性食物。
大部分发现扁平疣可以去医疗中心开中药外洗，每天两次。皮肤消毒以后选用推疣的方法，将疣体推掉，一般采用具有腐蚀作用的中药进行腐蚀，如果扁平疣体积较大，也可以采用针灸的办法。
扁平疣的治疗主要采用外用药物治疗和物理治疗，内用药物治疗多用于皮疹数目较多或久治不愈者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂。同时还应该注意饮食健康，不要吃太多油腻的食物。
可口服药物，如果病情严重可以去医院进行治疗，扁平疣是由病毒引起，多见于青少年，好发于面部、手背、皮疹大多突然出现、为针头至绿豆大扁来丘疹、呈皮肤色或浅褐色、表面光滑、境界清楚、数目较多，有时沿抓痕呈线条状排列。一般无自觉症状或有微痒，有时可自行消失，愈合后不留疤痕。病程慢性，可达数月或数年。
服用免疫调节药物，并在局部皮肤上涂抹药物和抗病毒软膏。扁平疣主要由病毒感染引起。这种疾病很顽固，治疗后可能会复发。同时，这种疾病具有传染性。首先，必须注意皮肤清洁和卫生，多锻炼，增强免疫力。
