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一般情况下，尿道下裂伴有小阴茎，可以通过手术治疗的方式进行治疗。具体情况分析如下：
尿道下裂还会出现一些先天性的异常，比如阴茎下弯、阴茎短小等，如果尿道下裂的孩子不能站着，以后也会出现射精问题，这会对孩子造成一定的不良后果。如果是尿道下裂的诊断，需要立即进行尿道成型手术，以便使其能够恢复排尿功能和未来的生育能力，最好是尽早进行，1~2岁的儿童的生殖器官与5~6岁的孩子差不多，可以进行一次或两次手术。
尿道下裂手术后阴茎可能会变长，由于尿道下裂患儿常伴有生殖器官畸形，所以需要先矫正生殖器官，然后再进行尿道成形术，这两种手术既可以同时进行，也可以分成两次进行，最好的时机是两岁以内。尿道下裂手术的目的就是为了使尿道外口恢复或者接近正常开口的位置，这样孩子术后才能正常站立排尿，成年后也能正常生育，通常可能会是阴茎变长。
男孩尿道下裂表明其性别染色体正常，合并尿道下裂要手术治疗。
治疗尿道下裂的手术有两百多种，但没有一种方式可以完全避免术后并发症。随着水平提高，一期手术成功率高。尿道下裂是尿道畸形，尿道开口不在龟头正中，可能位于龟头至阴茎根部的任何部位，也有会阴型的。缺损长的手术难度较大，愈合与恢复难度较大。常见的术后并发症有尿道瘘、尿道憩室、尿道狭窄等。任何并发症都提示远端有狭窄梗阻，或其他因素。尿道瘘主要是皮瓣愈合和远端狭窄导致的。
男孩尿道下裂，是尿道外口不在正常的龟头前下方，可出现在正常尿道口附近至会阴部、阴囊的任何部位；会有阴茎下弯。茎的尿道海绵体发育不良，阴茎就向腹侧弯曲，不能正常排尿，成年后不能正常性生活。
男婴尿道下裂治疗效果要看具体的尿道下裂的类型。男婴的尿道下裂一般分为四型。病变越简单术后恢复的效果越好。
尿道下裂需要通过外科手术来恢复正常的生理机能，包括站立尿尿、进行性生活、射精等。大部分的外科治疗结果是令人满意的。不过也有男婴在做完术后会发生尿路的狭窄甚至是术后的手术，这与男婴的身体状况以及疾病的复杂性有一定的关系。
