多发生在男性阴茎体、龟头、冠状沟及包皮的极小疱、溃疡、常为单个，有时数个，无明显症状，数日不愈，愈后不留瘢痕。亦可发生于肛周，口腔等处。男性腹股沟淋巴结肿，疼痛，压痛，粘连，融合，可见腹股沟韧带将肿大的淋巴结上下分开，皮肤呈出槽沟状。
肺部有肉芽肿的患者，通常会有呼吸不顺畅的症状，从而会引发咳嗽，而且每次咳嗽的时候，胸部会疼痛，但是凭这些症状是很难断定是否有这病，应该要去做比较详尽的检查，有时候支气管炎也会有类似的症状，所以应该要去正规的医院进行诊断治疗。
肉芽肿性前列腺炎有急性和慢性之分，急性发病突然，有寒战和高热，尿频尿急，尿痛，会阴部坠胀感，可发生排尿困难或急性尿潴留。慢性有排尿改变，尿不净，尿等待，有时分叉，性生活时有尿急感，排尿后和便后常有白色分泌物排出，俗称滴白，性功能减退，如阳痿，早泄等。
有严重的下尿路感染症状，如发热、寒战、尿频、尿道烧灼感、尿痛，偶见血尿、会阴痛、耻骨上不适。直肠指检：肉芽肿性前列腺炎肿块一般发展较快，结节较大，有弹性，不规则，软硬不一致。
肉芽肿性前列腺炎细胞大可聚集成片状，具有透明或淡红染色胞浆，小的泡状细胞核，很像前列腺癌，但实际为巨噬细胞。另一类细胞则呈多形性，细胞核固缩，呈空泡状，体积小，成排或成簇排列，有时可见一些腺泡。肉芽肿性前列腺炎肿块一般发展较快，结节较大，有弹性，不规则，软硬不一致。
比较常见的症状为发热、寒战，或者是尿路刺激症状，还有就是下尿路梗阻、和急性尿潴留也较常见，血尿较少见，个别病人表现为感冒的症状，也有无症状而在体检时被偶然发现。
