中医治疗肛周脓肿具有其独特的优势，但仅限于对早期肛周脓肿的治疗。中医以消法治疗为主，常用的方剂有仙方活命饮、五味消毒饮，同时配合清热解毒、止痛止痒的中药口服及金黄解毒膏外用，大多数患者可达到临床治好。
肛门直肠周围脓肿的治疗原则主要是控制感染扩散，减轻病人的痛苦，少数病情较轻的肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等，脓肿可以消散，需要手术治疗，保守疗法包括全身或局部应用有效的抗生素，静脉滴注或灌肠外用，一旦脓肿形成，最积极的方法是及时切开引流。
肛周脓肿术后可以正常排便的，肛周脓肿手术一般会造成肛门周围的组织受损，但是不影响正常排便，大便一定要定时解掉，不然引起便秘会更加难处理，大便后用清水洗一下肛门周围，保证肛门的卫生，平时饮食要注意保持清淡，主要以流质食物为主。
肛周脓肿需要手术加药物治疗效果比较好，肛周皮下脓肿切开引流术截石位或侧卧位。在肛周脓肿处作放射形切口，长度与脓腔大小相当。切开皮肤后，用止血钳钝性分离，进入脓腔，排出脓液。然后，用手指伸入脓腔探测大小，并将脓腔中纤维间隔分开（如肛门外括约肌皮下组有碍引流时，可将其切断。
肛周脓肿这种疾病，吃中药可以治疗，中药可以控制脓肿局限。但是比较常用的治疗办法是进行手术。术后需要抗感染治疗。在治疗期间，可以选择应用中药来进行熏洗、坐浴，能够促进创面的愈合。
少数肛周脓肿药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。平时应该注意不吃辛辣刺激，注意局部卫生，饮食以清淡易消化为主，禁食辛辣刺。激性油腻食物，适当补充营养。
