支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
支原体、衣原体可能会引起咳嗽。
支原体、衣原体很可能会进入气道，引起咽炎、肺炎等疾病，引起顽固性、严重的咳嗽、伴有少许粘液、乏力等症状。如果出现支原体、衣原体感染，一定要到正规的医疗机构进行治疗。
另外，生活中要注意保持房间里的环境干净，多吃一些容易消化的食物，多饮用一些白开水。
衣原体肺炎一般指肺炎衣原体肺炎，可以使用阿奇霉素、罗红霉素等药物治疗。
肺炎衣原体肺炎是肺炎衣原体感染导致的肺部急性炎症，主要通过飞沫传播，常表现为发热、咽痛、头痛，症状通常较轻，患者可以在医生指导下使用阿奇霉素、罗红霉素、多西环素、左氧氟沙星等药物治疗。
如果是咳嗽、咳痰比较严重，可以服用氨溴索、右美沙芬等，如果体温高于38.5℃可以服用退烧药，比如对乙酰氨基酚、布洛芬等。
支原体衣原体是阳性如果没有发生其他的症状，不需要特殊治疗，因为支原体衣原体呈阳性是正常的携带状态，不代表治病。如果检测出支原体衣原体有生殖道感染或者其他的合并疾病，类似这种情况需要给予积极治疗，在经过治疗以后，支原体和衣原体的携带率能够降下来，从而加速生殖道疾病的康复。如果是孕前检查出现了此病，需要夫妻一起检查，然后再针对病情进行治疗。
大环内酯类药物、氟喹诺酮类药物等可用于杀死衣原体和支原体。
1.大环内酯类药物：支原体感染会导致肺炎、支气管炎、泌尿生殖系统感染等，可以口服阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等，阿奇霉素的治疗效果最好。阿奇霉素具有抗菌、消炎、上呼吸道感染的作用，是治疗支原体感染的首选药物。
2.氟喹诺酮类药物：可以口服氧氟沙星、左氧氟沙星等，也有一些人会出现头痛、失眠、局部红疹等不良反应。
患者需要遵医嘱用药，不可擅自用药。
