首先是肾盂结石，治疗方法包括体外冲击波碎石、经皮肾镜超声碎石取石术等。其次是输尿管结石，治疗方法有体外冲击波碎石等。最后是膀胱结石，可以行经尿道膀胱结石激光或气压弹道碎石取石手术。
对于患有输尿管结石的患者在治疗阶段是需要适当的运动，适当的进行一些运动，能够促进人体对药物的吸收和提高结石排出速率，但是千万注意不能做一些比较激烈的运动，对于患者最好做一些肢体运动或者是跳跃运动，这些幅度比较小的运动，能够有利于结石的排出。
结石较小较好的治疗方法是大量饮水增加尿量冲洗尿路、促进结石向下移动，稀释尿液减少晶体沉淀。经常作跳跃活动，或对肾盏内结石行倒立体位及拍击活动，也有利于结石的排出。较大的结石最好的方法是手术取出。具体方法需要进行B超检查来确定结石的大小。
尿结石最典型的症状就是疼痛、血尿、恶心、呕吐以及膀胱刺激征。根据不同部位的结石，疼痛的性质不一样，有可能是钝痛，也可能是绞榨样疼。目前治疗肾结石、输尿管结石的措施有非手术治疗以及手术治疗。较小的结石，比如＜0.6cm，可采取解除疼痛以及促进结石排出的药物进行非手术治疗，如果＜0.4cm的结石，绝大部分能够自行排出。对于较大的结石，根据结石不同的部位，治疗结石的手术方法也不相同。
对于输尿管结石的治疗原则是小于5毫米的不需要特殊治疗，可以自己排出；大于5毫米小于2厘米的可以做体外碎石治疗。大于2厘米的需要手术治疗。患者可以根据超声显示的结石大小进行治疗。同时多喝水，应用消炎药预防感染。
