一般情况下，引起慢性直肠炎的病因有很多，应在辩证的基础上，明确病因，根据病因，对症治疗。
口服药物有时候是中成药，有时候是中草药熬制成汤剂，中成药用的比较多的是肠炎宁，归脾丸，补充益气丸等。中草药一般是具有清热解毒，消肿散结，消炎止疼的功效，临床上比如黄连，黄芪，党参，蒲公英，五倍子等。也可以用以上中药煎汤灌肠治疗。取足三里、上巨虚、天枢穴、合谷穴等穴位。
慢性直肠炎会出现粘液便，这些粘液多为肠道粘液。
需先治慢性直肠炎。只有先治慢性直肠炎才能使粘液便好转。其疗法一是可在短期内应用抗生素以调整肠道功能，二是在膳食中要求营养高，脂肪少，容易消化，可适当吃一些健脾养胃之品，例如：山药。也可采用高压氧，如直肠粘膜水肿时，可采用生理盐水灌肠，每天需适量休息，应忌食辛辣刺激食品，宜清淡饮食，适当吃少渣食品。
正规医院检查，遵医嘱治疗。大多数是不良的生活饮食习惯，和久坐造成的。恢复较慢，治疗后容易复发。要生活规律，不要久坐和久蹲。多做提肛运动，清淡饮食。多吃蔬菜和水果，尽量少吃油腻辛辣刺激性食物。
患有慢性直肠炎结肠息肉住院治疗一段时间还没好可以用传统中药配合治疗可以快速治好不复发，这些药物能行气燥湿升阳祛湿补脾益气行气导滞疏肝健脾益气温肾消除产生病变的毒素促进新陈代谢增加直肠防御功能改善肠道紊乱的功能促进肠道黏膜再生修复提高整体免疫力从而达到治好的目的。
慢性直肠炎需要中西医结合来治疗效果比较好。注意饮食的调节，一定要吃容易消化食物，过凉的、过硬的、辛辣刺激的食物都不能吃，主要是管住嘴，再服用中药补气的药。避免受凉，控制情绪外，不进食豆类及豆制品，麦类及面制品，以及大蒜、韭菜、洋山芋、皮蛋、卷心菜、花生、瓜子等易产气食物。
