卵巢囊肿的治疗方式取决于病人的年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及病人的主观愿望等因素而定，一般是以手术治疗为主，也是最有效的方法。
卵巢囊肿的检查需要医生指导下的药物控制，平时应注意定期复查。如果文窝囊肿超过5厘米，就去医院做手术。治疗卵巢囊肿时避免进食。平时，不吃辛辣食物，也不吃海鲜饮食，避免吃发制品，以免加重刺激。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿如果只吃药一般不能好。临床上卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿。生理性囊肿一般发生在月经后半期，囊肿一般不超过5cm，临床上一般不会引起任何症状。通常月经干净后囊肿会自行消失。病理性卵巢囊肿可发生于月经的任何时期，并且直径大于5cm，临床上可出现月经改变或下腹部疼痛等症状。卵巢囊肿一般吃药无法根治，需要手术治疗，一般在月经干净后3-7天内去医院切除卵巢囊肿。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。