巧克力囊肿早期可能会没有明显症状，如果囊肿进一步增大，可能会有痛经，腹痛症状。巧克力囊肿一旦确诊，建议手术治疗，如果直径较大，症状明显，可以先药物治疗缩小病灶，然后再在腹腔镜下手术治疗。
巧克力囊肿平时应注意不抽烟喝酒，不要食过咸过热和辛辣过冷刺激性食物，要注意劳逸结合，不要过的劳累，不要长时间熬夜，保持良好充足的睡眠，应多吃些营养丰富的食物，多吃些绿色蔬菜和水果。
巧克力囊肿的手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病通常使用的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的一般选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
巧克力囊肿手术后尽量过三个月再开始备孕。手术之后排球的创面需要恢复1到2个月，这一两个月之内是不能够受孕的，但是这一两个月之内内异症病灶容易复发，所以术后要用三个月的药物治疗，这三个月的药物治疗，能够把残留的病灶进一步的沙面，同时能够预防复发，治疗三个月之后，只要恢复月经就可以尽快怀孕。
3-6个月。做完巧克力囊肿手术之后，子宫和附件还没有完全恢复，要注意休养一段时间。手术后，建议至少三个月在怀孕，让伤口有很好的修复，另外巧囊手术后半年到一年怀孕几率还是比较高的。
中医通息疗法。通息疗法：通过激活和增强人体的免疫系统（包括体液免疫和细胞免疫）使其增加体液免疫对致瘤因子的监控，促进淋巴细胞、单核吞噬和巨噬细胞对瘤体组织的吞噬作用，纠正导致瘤体的内环境调节，内部调理与穴位治疗相结合，局部治疗与整体调节相补充，从而达到标本兼治的原则，直通病灶，达到治病求本、标本兼治的治疗效果。
