肛瘘临床症状主要是表现肛旁肿痛伴间歇性流脓。可出现肛门潮湿，严重时会出现肛门瘙痒，挤压外口，有脓性分泌物溢出，可扪及一条索状管道通向肛门。肛瘘是由于肛管或直肠与肛门因病理原因导致相同的一种异常管道。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
如果不是很复杂的肛瘘，通过手术就可以恢复。另外外用消肿止痛的中草药进行日坐浴。局部涂抹抗生素软膏。如果急性期可以口服抗生素，对症处理，不要超过一个星期。如果比较复杂，内口不确切的肛瘘有可能会复发，要清淡饮食，不要过多食用辛辣油腻上火的食物，注意局部的卫生。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘是不能自己好的，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。
