口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡一般一到两周可以自愈，如症状较重疼痛明显，可以口服消炎药物及漱口液漱口，补充维生素C，饭前用漱口液漱口止痛，食物以微温或凉的流质为主，超过两周仍不愈合，建议到正规口腔门诊就诊检查。
口腔溃疡在一周左右就可以自行痊愈，还可以往溃疡的地方局部涂抗炎类药物，多吃白菜，白菜中含有维生素对口腔溃疡具有疗效。木耳具有抗溃疡作用，所含的营养物质可以促进溃疡面愈合。
口腔溃疡治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数。
口腔溃疡根据病因不同，治疗方案也不同。如果溃疡由创伤引发，可通过去除刺激因素，同时促进溃疡愈合进行治疗。如果是复发性阿弗他溃疡，治疗方案比较复杂。常见药物为免疫抑制剂或漱口水等，病人可口服或外用。需要注意，复发性阿弗他溃疡，服用抗生素治疗无效，所以病人要在医师指导下服用药物，切忌自行服药。
