肛窦炎会引起大便次数增多、里急后重等症状。在肛管直肠炎、肛窦炎与肛乳头炎初期，病人往往有排便不尽感、肛内异物感及下坠感。肛管直肠炎、肛窦炎可引起的肛门部瘙痒。主要原因是由于炎症性渗出物对肛门刺激所引起，肛门常较正常人潮湿。
排便时肛门疼痛，而且定位十分明确。常常是肛门后位多见，还会伴有肛门异物感、不适和肛管下坠感及肛门脓性分泌物。肛窦炎进一步发展的结果，主要表现为肛周疼痛逐渐加重，酿脓时呈鸡啄样痛，伴恶寒发热等症，血常规检查白细胞计数明显增多，中性粒细胞亦升高。
肛窦炎是炎症性病变常引起肛周脓肿是肛门感染的常见症状。如果炎症不严重可以使用保守疗法，就是使用温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，也可以使用各种痔疮栓或痔疮膏。平时注意饮食方面的规律。
治疗肛瘘炎最佳方法是手术治疗，术后配合药物和一般治疗。手术治疗的具体方法有挂线疗法、瘘切开术、主灶切开对口引流法、瘘切除术、瘘切除术一期缝合术等治疗方法，具体选择是根据肛瘘内口位置、瘘的走向、瘘的深度等，综合评定后选择手术方式。
由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，肛门部下坠感有便意，但去厕所却解不出或者解很少大便。肛门处不适感和隐痛，排便时加重。可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁。
肛窦炎的主要症状有，肛门疼痛，另外如果肛窦炎期间，没有经过合理的治疗，或者是治疗效果不好，那么会出现肛门的脓肿，肛门脓肿就会出现红肿热痛，个别病人出现发烧，这时肛门周围会出现化脓，或者其他的炎性反应。
