肛瘘的症状有流脓，肿痛，肿块，瘙痒，全身症状，复杂或迁延日久常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状，继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。
肛瘘的初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。肛瘘畅通时一般无疼痛感，仅有局部坠胀感，因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧，消瘦和食欲不振等。
婴儿肛瘘是现在生活中，也比较常见的一种疾病，对婴儿的身体损伤是非常大的，这种疾病的出现，一般都是因为感染所引起，婴儿肛瘘的症状有流脓，脓液的多少，因瘘管的长短、大小而不同。还有疼痛、搔痒、排便不畅这些症状。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛瘘一般是化脓性感染所致，少数的表现为异性感染。如结核，克隆病，溃疡性结肠炎更少见，直肠肛管外伤，继发性感染也可以形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可能溃破成瘘管，但都比较少见，和一般化脓性感染有明显的区别。
肛瘘是肛门直肠周围常见的慢性感染性疾病，肛瘘由位于皮肤的外口，与直肠相连的内口，以及连接于内外口之间的瘘管组成。肛瘘通常继发于肛周脓肿切开引流手术后，或者肛周脓肿自行破溃之后。肛瘘初期是在肛门外口附近的皮肤，逐渐形成和出现一个或者多个迁延不愈的瘘口，反复排出含有致肠内容物的分泌物，一旦瘘口堵塞，可以再次发生肛周脓肿。
