小儿凌晨咳嗽具体处理方式要看导致咳嗽的原因。
小儿咳嗽是很常见的，有的咳嗽时间段明显，有不分时间段，一天中任何时间段都可能咳嗽。若小儿凌晨咳嗽是喝水呛入气管导致的，轻拍背部咳嗽会慢慢缓解。若是房间空气过度干燥，给孩子适当喝点温开水咳嗽的症状也会缓解。另外常见的是呼吸道感染，加上夜间是小儿肺排毒时间，此时分泌物就会增加，针对这类咳嗽症状加重要进行适当的抗感染、止咳、化痰等治疗。
一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
凌晨咳嗽有可能是由冷气刺激造成。如果是因为感冒引起的咳嗽，那么早晨起床后就会有冷空气进入气道或者是喉咙引起。最常见的是老慢支，也就是老人的支气管炎。其特征就是半夜咳嗽，因为慢性支气管炎一夜没睡，气道里面就会出现炎症，会分泌出分泌物。这种分泌物在半夜最多，而且还会有很多的唾液，在这种情况下，会引起更大的咳嗽。还有就是是支气管哮喘，咳嗽变异性哮喘的特征就是清晨咳嗽，这是由于清晨迷走神经的张力增加，导致气道收缩，导致咳嗽。
小儿轻微咳嗽如果是轻度感染，可给予消炎药，咳嗽或痰多时可服用小儿止咳祛痰药，严重者推荐静脉输液处理，同时也要谨防支原体感染所致，若支原体感染，推荐静脉输液，腹泻指感冒导致肠功能紊乱，要同步进行，感冒好了，腹泻要跟着缓解。
此外，如果出现小儿轻微咳嗽的情况，应该注意避免其进食辣椒、洋葱等刺激性较强的食物。
通常情况下，小儿夜晚咳嗽怎，要注意针对病因治疗，具体内容如下：
大部分是由呼吸道病毒感染引起的，可以吃四季抗病毒合剂，或者利巴韦林喷雾剂局部喷喉咙抗病毒治疗。此外如果有感染了的话，那么就需要用阿奇霉素治疗，并且口服孟鲁司特钠咀嚼片进行预防。但是病情好转后家长也不能放松警惕，要注意早晨起床后，及时打开窗户，呼吸室外新鲜空气，同时保持室内空气流通。
