治疗肛瘘炎最佳方法是手术治疗，术后配合药物和一般治疗。手术治疗的具体方法有挂线疗法、瘘切开术、主灶切开对口引流法、瘘切除术、瘘切除术一期缝合术等治疗方法，具体选择是根据肛瘘内口位置、瘘的走向、瘘的深度等，综合评定后选择手术方式。
肛窦炎的病人可以肛门指诊检查、肛门镜检查等检查的结果进行相应额打确诊。如果病人是症状轻微的是可以采取药物治疗、坐浴的方式进行保守治疗。在病情恶化时，病人可以采取切除术、切开术等手术治疗。
肛窦炎主要症状表现在常有肛内轻微隐痛坠胀或不适感或肛腺分泌减少，肛管干涩、排便不畅等。急性发作期常有排便疼痛、分泌物多、手纸偶然带脓血、烧灼不适肛门坠胀等。如果肛门括约肌受炎性刺激可引起括约肌轻度或中度痉挛性收缩，常有短时间阵发性钝痛或疼痛持续数小时。
肛窦炎者表现为肛门坠痛、坠胀、肛门有灼热感、排便时疼痛，进行专科检查可看到，发炎的肛窦位置的有潮红、少量炎性渗出液、甚至脓液积聚在肛窦位置。在医生指导下通过，局部药物灌注，抗感染等药物进行治疗。
直肠炎和肛窦炎都是比较常见的肛肠疾病，大多数是不良的生活饮食习惯和久坐造成的，恢复较慢，治疗后容易复发。可以使用溶液或者是中药灌肠治疗，配合使用药物进行治疗，要清淡饮食，避免烟酒刺激。
