它们的主要区别是生长的部位和症状是不一样的。痔疮一般的是生长在直肠管内，一旦发作可以使用相关药膏，进行外塞能够好转。而肛门脓肿一般生长在肛门的周围，可以用手摸到有硬肿块，外用药物没有效果。治疗上，肛门周围脓肿，首先选择脓肿切开引流手术。痔疮应该尽可能给予保守治疗，症状反复发作或者影响生活的3、4期痔疮才考虑手术治疗。
肛周脓肿是刚组织的感染导致的，通常表现为肛周肿物并疼痛。有些人还伴有发烧等症状。大多数需要手术治疗。手术切开引流，肛周囊肿是发生于肛门旁边的一个囊性肿物，可以出现局部的压迫症状。
肛门血栓与痔疮的区别在于：痔疮是曲张的静脉，痔静脉淤积、充血导致的。如果淤积时间比较长，会形成血栓，质地比较硬。血栓与痔疮的区别主要在于肛门血栓比较疼痛，而痔疮大多没有症状。
肛周脓肿属于肛周急性感染性的疾病，主要的发生原因是由于肛窦的炎症反复发作所导致，病人有明显的肛周疼痛、发热、排便困难；肛周囊肿多继发于皮脂腺梗阻而导致，主要是局部的肿物，囊性病变，触痛，通常没有发热。
肛门脓肿属于肛门直肠部位的感染化脓性疾病，而痔疮是肛门直肠部位的静脉团块样肿物，两者属于不同疾病，不存在因果关系，但两者可以同时发病。肛周脓肿建议采用抗炎治疗+手术治疗的方法。痔疮大多经过保守的外用药物治疗可以缓解，严重的才考虑手术治疗。