巧克力囊肿一般是会影响怀孕的，但是有的人也能怀孕，如果夫妻双方其他检查都没有问题，仅发现存在卵巢巧克力囊肿，有可能就是影响怀孕的主要因素，就要考虑是否做手术将巧克力囊肿切除掉。
畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
巧克力囊肿并不能抽调。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，异位到卵巢上的一种表现。治疗卵巢巧克力囊肿，可以选择药物治疗或者是手术治疗，药物治疗适用于有慢性盆腔痛，经期痛症状明显，并且有生育要求较大的卵巢囊肿的人。
三种治疗方法可以对付卵巢囊肿。传统手术，会带来一定创伤，囊肿容易破裂引起复发；腹腔镜手术，有较好疗效，手术费用不菲，但术中囊肿易剥破，导致盆腔黏连、化学性腹膜炎等；经阴道超声介入手术，微创诊疗技术，定位准确，不伤其他组织，复发率低，不影响生育。
巧克力囊肿在平时的时候应该少吃豆制品，豆制品中含有丰富的雌激素，容易加重病情。部分巧克力囊肿的致病原因就是激素分泌失调。可以多吃一些清淡的食物，小米粥或者山药粥都非常适合吃。
术后要注意休息，加强营养，多吃富含蛋白质和维生素丰富的食物，有利于身体的恢复和伤口的愈合，少吃生冷，寒凉，辛辣有刺激性的食物。术后定期复查。平时要注意休息，多喝热水。
