肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
流脓：是肛瘘的主要症状疼痛：肛瘘感染或脓液积存于管腔内引流不畅时，而肿胀发炎，则引起疼痛。瘙痒：因从瘘管道经常流出脓血，刺激肛门周围皮肤而引起肛周炎及瘘道外口组织增生，引起潮湿、瘙痒。
肛瘘主要有以下临床症状，流脓是主要症状，肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。疼痛瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，少吃辛辣食物，出现肛瘘问题之后要及时去医院进行治疗，遵医嘱。
