许多具有致病力的真菌会侵犯皮肤、在毛发、指（趾）甲等浅层组织，造成浅层的真菌感染，还会侵犯到人体的组织、器官，造成深层的真菌感染。首先，要对感染的真菌进行初步的诊断，并结合病灶和医疗检查，应用真对性的抗菌药物。浅部真菌感染可以使用药膏或霜剂来治疗，效果好，副作用少，可以使用两性霉素b、制霉菌素、酮康唑、克霉唑等。深部真菌感染主要是全身用药，可以口服三唑类药物如氟康唑、伊曲康唑、咪康唑、酮康唑、棘白菌素等。
肺部真菌感染的治疗费用相对比较高，一般都在3000元到5000元左右，因为每个人感染的具体情况不同，医院和地区不同，治疗费用的差别也比较大，所以在治疗费用上面并不能够统一的一概而论。
抗真菌药的副作用通常是比较大的，但对于肺部等处的真菌感染必须得使用，否则危害更大。肺部真菌感染，是由真菌感染引起的支气管肺部疾病，包括原发性和继发性肺部真菌感染，真菌等被吸入人体肺部，而致病为原发性肺部真菌感染。
一般情况下，脸部真菌感染的治疗方法有以下几方面：
患者可以先口服伊曲康唑胶囊，但需遵医嘱，用药前辅查肝功、血脂等，也可口服盐酸莫西沙星片、复方甘草酸苷片等，再用复方黄柏洗剂、晟露洗剂等冷湿敷贴，也可以用盐酸布替萘芬搽剂、盐酸特比萘芬乳膏等交替早、晚外涂。如感染较重，需预先进行皮肤无菌清创，再用碘化钾溶液、硝酸咪康唑软膏等交替早外涂，平时应忌辛辣、忌饮酒等。
耳朵内有霉菌感染时，会感到奇痒难耐。在治疗的时候患者要注意保持耳朵的干净，避免潮湿，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，这样可以起到收敛和抑制渗出的效果。可以外用复方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建议患者不能频繁的抠耳朵，也不能进行摘耳手术，以免造成交叉感染。不能随便买滴耳液，否则会影响到外耳道的正常细菌环境。真菌性外耳道炎首先要确定自身的免疫系统疾病和糖尿病，要及时治疗才能缓解。
肺部真菌感染的治疗费用在住院的情况下大概在两千块左右，如果通过门诊口服药物治疗可能需要500-700，可以根据自身情况，选择好的治疗方式，平时要保持室内空气流通，不要过度劳累，多休息，保持情绪稳定，饮食上尽量避免吃刺激性的食物，可以多吃一些含水量较高的水果和蔬菜。
