在注射后24小时内，可能会出现一些不良反应，包括局部不良反应（常见疼痛；偶见红、肿、瘙痒）、全身不良反应（常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心；偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常、口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷）。以上不良反应以轻度为主，1至2天症状便可缓解。
乙脑减毒活疫苗不良反应发生率比较低。主要表现为局部反应和全身症状。接种部位在上臂外侧三角肌下缘，皮下注射，可以引起该部位局部红肿，硬结，疼痛，一般症状较轻，用温毛巾局部热敷后1-2天，可以消失。全身反应可以表现为发热，一般为中、低度发热，精神状态良好，若体温大于38.5度，可以给予退热药对症治疗，一般无需特殊处理，在1-2天后自行恢复正常。
新生儿乙肝疫苗接种后会出现瘙痒、红肿或伴有轻度疼痛、小硬结，这是局部皮肤反应，全身反应，可以出现发热，多数为低热，也有少数出现高热，通常一天内消退。还有的出现疲劳感。
局部的红肿疼痛，以及肌肉不时跳动是疫苗常见的不良反应，这种不良反应都视为轻微的副作用，不做处理大多数都可自行消退，注意别用热水刺激或浸泡，易出现感染，如果有红肿，可适当用冰块做下冷敷。
宝宝接种疫苗后出现不良反应后，应该针对不良反应进行治疗。如出现皮肤过敏的情况，需要通过口服抗过敏类的药物进行治疗。如果是出现皮肤发痒，可以局部涂抹止痒类的药膏进行治疗。
接种B型流感嗜血杆菌疫苗的不良反应有容易引起针眼处红肿、疼痛，还容易引起发烧、恶心、呕吐、拉肚子的现象。注射疫苗后，要注意局部卫生，如果局部红肿，可能有感染引起的。
