通常来说，牛奶蛋白过敏和乳糖不耐受是不一样的。
牛奶蛋白过敏可涉及全身各个系统，并以消化系统症状和皮肤症状为最主要表现，比如呕吐、反流、腹泻、便血、肠绞痛、湿疹、荨麻疹等；乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌少，不能完全消化分解母乳或牛乳中的乳糖所引起的非感染性腹泻，又称乳糖酶缺乏症。乳糖酶缺乏是广泛存在的世界性问题，远东人群发生率高，大部分人群不出现症状，但在以乳汁为主要饮食的新生儿及婴幼儿中常发生腹泻等症状。
乳糖不耐受是指摄取乳糖后会因乳糖吸收不良而出现相关症状，乳糖不耐受的孩子排出的大便是又酸又臭的；牛奶蛋白过敏是幼儿最常见的食物过敏牛奶蛋白过敏是常见的食物过敏，牛奶蛋白过敏者的大便是臭而不酸。
婴儿出现乳糖不耐受时，可能会出现吃奶粉、母乳等情况后。具体内容如下：
如果出现腹痛、腹胀、啼哭、拉的粪便中会有稀水便、鸡蛋花便，也有可能是粪便中含有奶瓣，需要服用一些乳糖酶来缓解，如果腹泻的厉害，可以选择无糖牛奶、高水解奶粉。避免食用辛辣刺激的食物，以免刺激胃部，导致胃部发炎。少吃含粗纤维、油炸或油炸性食品，比如鱼干、芹菜、豆芽、韭菜、腊肉。
一般情况下，宝宝乳糖不耐受可以通过药物治疗、日常护理等方式缓解相关症状，具体内容如下：
1.药物治疗：如果宝宝出现了乳糖不耐受的情况，家长可以遵医嘱给宝宝使用乳糖酶等药物进行治疗，以改善宝宝的不适症状。
2.日常护理：如果宝宝对乳糖不耐受，可能会出现腹痛、腹泻等症状，家长应注意为宝宝进行日常护理，要避免给宝宝吃脂肪、蛋白质等含量较高的食物，以免增加胃肠道的负担。
蛋白质过敏的宝宝有出现腹泻、失眠多梦、胃食道反应、皮疹、盗汗、腥臭味大便且偶尔可见泡沫。乳糖不耐受的症状是出现稀便糊便、没有腥臭味，也没有伴随其他的全身症状。这是两种发病机制不相同的疾病。
乳糖不耐受的宝宝可以出现腹痛，腹胀，肠鸣，腹泻，情况比较严重的，还影响宝宝的生长发育，宝宝出现营养不良，生长发育落后。对于这一部分宝宝需要补充乳糖酶，或者是换用无乳糖奶粉。如果是应用乳糖酶的话，需要在喂奶以前应用，水温不宜太高，一般是30-40摄氏度的水温。
