12岁男孩膝盖痛原因是什么？

根据你描述的症状和发病时间，结合一般医学知识，出现这种情况可能有多种原因。首先，我会考虑一些常见的可能性：
第一种可能是生长痛。在青春期，骨骼快速发育，有时会出现膝盖或腿部的疼痛，这种情况下通常没有明显的外伤史，疼痛会在休息后有所缓解。
第二种可能是缺钙引起的症状。钙是构成骨骼的重要成分，缺乏时可能导致骨骼和关节出现问题，引起膝盖疼痛。
第三种可能性是半月板问题或者韧带拉伤。虽然你提到X线检查未发现问题，但仍然需要排除其他可能的软组织损伤。
建议你尽快到医院骨科就诊，进行详细的体格检查和必要的辅助检查，如超声波或MRI检查，以明确病因。
在等待就医期间，可以采取以下措施缓解症状：
注意休息，避免剧烈运动，减少对膝盖的负担。
可以进行局部热敷，促进血液循环，缓解疼痛和不适感。
如果没有明确诊断前，建议不要随意服用药物，尤其是激素类药物。
注意饮食均衡，适当补充含钙丰富的食物，如牛奶、豆腐等，必要时可在医生指导下服用补钙制剂。
避免长时间保持一个姿势，每隔一段时间起来活动一下，促进血液循环。
总之，膝盖疼痛不容忽视，及时就医查明病因是关键。希望你早日康复！