接种乙脑疫苗几乎没有什么副反应，个别的孩子会出现两天以内的轻微的发热的症状，均在38℃以下。此外七岁以上的孩子儿童如果是需要加强接种的时候，接种的部位可能会出现红肿，偶尔也有血管性的水肿和过敏性的休克，发生在注射后的10-30分钟。
乙脑疫苗包括乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，两种疫苗的接种时间是有区别的。首先是乙脑灭活疫苗是国家规定基础免疫共注射两针，出生后满6个月的婴儿，开始接种第一针，7到10天后接种第二针，一岁半到两岁左右，以及四岁的时候，各加强一针，六岁的时候再加强一针。其次是乙脑减毒活疫苗是1岁的时候接种第一针，2岁时加强免疫一针，7岁时再加强免疫一针。
乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
打完乙脑疫苗包括局部和全身反应，通常在72小时之内可缓解。局部反应如身体注射部位会出现发红，一般24小时会自行消退，全身可能伴有发热，通常体温在38℃以内，通过多饮水多排汗就可将多余的增高的体温进行代谢和代偿，还会出现例如打喷嚏、流鼻涕等情况发生。
当持续出现异常反应时，建议家长应及时带宝宝去医院，在医生的指导下对症处理，期间注意保暖，多饮用温开水。
