精子畸形的治疗可以分为日常治疗、药物治疗，严重者可以辅助生殖技术完成传宗接代。
1、纠正日常不良的生活习惯，劳逸结合均衡营养、补充精子生成不可或缺的锌、硒、蛋白质等微量元素。2、口服维生素C和E抗氧化，加快纠正精子恢复正常形态；生殖系统炎症者，或感染溶脲脲原体的患者口服抗生素和四环素类药物治疗；3、严重畸形精子症患者，药物治疗没有效果可以实施辅助生殖技术。
治疗期间避免辐射，高温环境，同时戒烟戒酒。
应该检查引起精子畸形的原因，按照病因进行系统的治疗。只要有信心就能完全治疗，期间可以遵医嘱或口服药物。平时养成规律的生活习惯，不要经常熬夜。远离各种辐射环境，这样可以防止畸形精子的发生。
精子畸形可以使用裴尔科密度梯度离心法。对自己的精液中的精子进行分离，通过这种方法，能够分离出活动力在Ⅲ、Ⅳ级并且形态正常的精子。在成功分离后，在进行人工授精。除减少烟酒危害、控制房事次数、保持阴囊适温、注意劳逸结合、加强身体锻炼外，还应注意生活环境，合理调整饮食。
精子畸形大部分是先天性的，输精管的曲张，以及一些男性染色体方面的问题都可以导致，同时后天如果休息不好，常常熬夜，长期的抽烟喝酒以及受到辐射也会导致精子畸形，要到正规医院进行检查和治疗。
人精子畸形主要是缺锌导致的比较多，因为锌元素可以维持助长男性性机能、提高精子数量，缺锌会使男性性激素分泌减少，从而使性功能不全、睾丸缩小，从而影响精子的生成、成熟，最终使得精子数目减少、活力下降、精液液化延迟。从补锌入手，在饮食里面多吃点含锌的食物。
