治疗或者预防便秘或腹泻发生；增强人体的机体免疫力；促进营养物质吸收；防止泌尿生殖系统感染；降低胆固醇；预防骨质疏松；益生菌如果是含有乳杆菌，可以治疗乳糖不耐受症。
一般情况下，益生菌有润肠通便、促进消化等作用与功效，具体内容如下：
1.润肠通便：益生菌广泛存在于患者的体内，有助于维系患者胃肠道的正常功能。而补充益生菌有助于促进患者胃肠道的蠕动，能起到润肠通便的作用，有助于促进大便排出。
2.促进消化：如果患者遵医嘱使用益生菌，通常能使各类菌群在患者体内达到一个平衡状态，从而促进患者消化，以改善腹痛、腹胀等消化不良症状。
益生菌可以调节肠道微生态的平衡，可以调节局部和全身的免疫反应，所以益生菌能够有增强身体免疫力的作用，可以调节微生物的失调预防腹泻，有些宝宝对乳糖会不耐受的也可以使用益生菌去缓解的，益生菌能够有缓解过敏症状的效果。在临床上用益生菌主要是治疗有腹泻，便秘和乳糖不耐受的人群。
益生菌的作用，是能够平衡肠道菌群，促进肠道的蠕动，同时可以预防改善腹泻和便秘的症状，同时能刺激肠道免疫机能，增强免疫力。说益生菌的副作用，就是不能长期的，过量的服用，因为很容易产生依赖症。
益生菌是肠道中的一种必需的有益细菌，主要作用是改善腹泻、便秘，调节机体免疫力，防止过敏，益生菌在一定的程度上也起到抗肿瘤、治疗疾病的作用。益生菌还可以产生各种消化酶，并且能够缓解由于饮食不当或者有长期运用抗生素导致的菌群紊乱等。
