胎儿发育不良的原因有两种，一种是内在的，一种是外在的。
外在因素主要是受到外界的干扰，如电磁、环境等。此外，怀孕期间使用不当的药品，以及药品的刺激性也会导致胎儿的生长。女性体内的激素分泌不足，会造成胎儿缺乏养分，使胎儿不能充分的生长。另外，也可能是因为胎儿本身的染色体问题，从而造成胎儿的生长缺陷。精子和卵子的品质都会对胎儿的发育造成一定的影响，而优质的精子和卵子对胎儿的发育是非常有益的。
胚胎发育不良，主要表现为胚胎发育缓慢和胚胎发育停滞。
胚胎发育迟缓会对胎儿的生长发育和智力发育产生影响，早期B超检查与孕周不符，后期会出现器官发育不全，从而导致早产，流产，胎儿畸形，胎死。
胎儿发育停滞早期一般不会表现出明显的症状，随后可能会出现阴道流血、小腹疼痛等情况。
胎儿在子宫内的发育，如果体重低于正常儿童的十分之一，说明胎儿发育不良。如怀孕高血压等，在早期就被诊断出来。这种疾病会对胎儿的生长造成一定的影响，所以要及时的进行治疗，避免对胎儿造成伤害。
胚胎发育不良即胚胎停育，胚胎不按照妊娠时间规律生长、发育，常与精子畸形、孕妇内分泌失调、母体排斥胚胎、子宫内膜太薄、生殖道出现炎症、接触有害的化学物品等有关。胚胎发育不良的孕妇可无明显症状，也可出现下部疼痛、阴道流血，常出现早孕反应如恶心、呕吐等症状逐渐消失。
胚胎发育不良的原因有很多，常见的是受精卵本身发育缺陷、染色体核型异常、基因突变、病毒感染、化学性物质影响、放射线影响，黄体功能不足、甲状腺功能低下、抗磷脂抗体综合征、血型不合等。
胚胎发育不良主要是因为胚胎的染色体异常。包括胚胎的染色体数目异常、结构异常。还有就是母体有全身性的疾病，比如高热、梅毒、严重贫血或者有高血压、糖尿病、甲状腺功能异常、母体胎儿血型不合、子宫发育不全、子宫肌瘤、双子宫、宫颈口松弛、子宫内膜炎、以及外伤刺激、精神高度紧张、焦虑、恐惧、吸毒、酗酒、抽烟、环境因素等都是造成胚胎发育不良的原因。
怀孕初期胚胎发育不良，可能是由于卵子的质量和精子的质量较差，受精卵形成后由于受到细菌、病毒、药物、辐射等的不利影响，或者是由于遗传、染色体等方面的原因，导致胚胎发育不良。可能是子宫内膜较薄，内膜的营养不丰富，受精卵移植到宫腔后接受不到足够的营养供应，也会出现胚胎发育不良。