肛门囊肿也就是临床上常说的肛周脓肿。对于表浅的脓肿，可以选择口服抗凝药物，一般常用的广普的抗凝药物。对于范围相对较大的脓肿还需要联合用药，可以选择氨基糖苷类抗生素，以及抗厌氧菌的药物。
囊肿禁忌辛辣刺激性食物，戒烟戒酒，对于囊肿需要根据不同的发病部位来积极的治疗的，如果大脑囊肿，还是需要积极的手术治疗的，如果肝脏的囊肿一般定期观察，如果是手部的囊肿，一般可以手术切除。
肛周囊肿病人在饮食上应注意：1、禁忌辛辣刺激性食物，如辣椒、葱、姜、大蒜等，需要戒酒，这些辛辣食物可刺激局部发炎，加重肛周脓肿的病情。2、饮食宜清淡，适当多吃富含纤维食物，多喝水，保持大便畅通。3、禁忌油腻、油炸、腌制、烧烤等易上火的食物，以免加重病情。4、多吃新鲜蔬菜和水果，如香蕉有通便润肠的作用。5、养成良好的生活习惯，饮食习惯，作息规律，保证充足睡眠，保持平和心态，避免过喜过悲。
附件区的囊肿可能是生理性的，1-3个月经周期之内，囊肿通常就会自行的消失，所以不需要用药，可以使用彩超定期观察即可。如果附件区的囊肿持续存在的时间超过三个月，患者首先检查肿瘤标志物，如果肿瘤标志物没有因此，可以使用桂枝茯苓丸、散结镇痛胶囊等中药来治疗，如果中药治疗效果不好，患者需要则选择手术治疗来治疗。
一般情况下，足背腱鞘囊肿初期可以使用扶他林软膏、吲哚美辛胶囊、双氯芬酸钠肠溶片、大七分胶囊等，都能起到抗炎症、活血化淤、通经活络的效果，对治疗囊肿的患者也能起到一定的缓解效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。还可以结合其它疗法，比如红外辐射、微波、小针刀等，如果不能有效地缓解关节的活动和疼痛，可以通过外科手术将肌腱鞘囊肿完全切除，有较好的治疗效果。
一般来说，肝囊肿并不需要口服药物进行治疗。
除肝囊肿出现感染需要静脉用药的特殊情况外，通常情况下，针对较小的肝囊肿，仅保持定期彩超随访观察即可；而针对较大的肝囊肿，通常采取腹腔镜下肝囊肿开窗引流术或者局限性的肝段切除术等手术治疗。
肝囊肿患者平时应该适当运动，比如慢跑、游泳等，早睡早起，注意多休息，适量吃新鲜的水果和蔬菜，并清淡饮食，有利于身体健康。
