长期用浓盐水漱口会使口腔菌群失调，更易患牙周疾病。人体口腔里有正常的菌群，淡盐水漱口虽然有一定消炎、杀菌的作用，但如果长期用盐水漱口，会造成口腔内正常菌群的失调，不利于口腔健康。另外，长时间用盐水漱口，牙齿表面容易沉积色素与污垢，会引起或加重牙龈炎与牙周炎。据统计，平时喜吃咸食的人，牙周病的得病率非常高，牙齿容易松动，患高血压与心脏病的概率也高。不管是用清水，还是用盐水漱口，对暂时减少口腔细菌的数量是有效的，二者的功效没有哪些差异。建议在漱口时选择用水上一定要慎重，不是说用淡盐水漱口不好，需要适度，以防口腔出现其他问题。
盐水漱口是有一定的消炎功效的。主要的是可以使细菌脱水死亡，但是盐水的浓度要稍加控制，不可以用高浓度的盐水，因为长时间接触高浓度的盐水，也会使口腔内的正常细胞脱水死亡。所以可以使用淡盐水进行漱口，而且含漱的时间以10分钟为宜，而且在结束盐水漱口以后，一定要用清水进行漱口，防止口腔内正常细胞脱水。
盐水具有一定的杀菌作用，对口腔粘膜是有好处的，对牙齿没有害处。但是不能过咸，过咸的盐水，对于口腔粘膜是有刺激作用的。所以如果用盐水漱口，用稀盐水就可以。
智齿发炎可以用淡盐水清洗口腔，能够起到缓解发炎的作用，能有效改善口腔的疼痛感，平时饮食尽量清淡，不要吃刺激性较强的食物，并且要注意补充水分，多吃些绿叶蔬菜，对身体好处多，能够起到清热降火的作用，经常用温开水或淡盐水漱口，同时也要注意合理饮食。
感冒后往往合并咽炎，扁桃体炎，喉炎，所以耳鼻喉科的医生会让大家用淡盐水漱口，盐水有消炎，清洁杀毒作用，利于疾病恢复，漱口时，咽下一点也不会影响身体健康，平时要多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，少吃辛辣刺激的食物，注意休息，少说话。
口腔溃疡是口腔内部的一种黏膜溃疡性疾病，一般可以应用盐水漱口。但是应用盐水漱口只是起到清洁作用，并不会对口腔溃疡有治疗作用。口腔溃疡如果想要治疗，主要是在局部进行药物治疗。